Die Oberfläche von Magellan kann flexibel an die eigenen Bedürfnisse angepasst werden. Früher geschah dies, in dem man eigene Layout-Konfigurationen schrieb. Heute gibt es das sogenannten Docking-Layout. Mit dessen Hilfe kann jedes Fensterelement (Dock) frei positioniert werden. Jedes Dock kann entweder geschlossen werden (weil es nicht gebraucht wird), hinter anderen Docks versteckt werden (weil man es nur selten braucht) oder in seiner Größe den aktuellen Bedürfnissen angepasst werden. Damit ist es auch möglich, Magellan auf mehreren Bildschirmen zu verwenden. Die Zahl der Möglichkeiten ist eigentlich unbegrenzt.
Zusätzlich gibt es die Möglichkeit bestimmte Presets zu definieren. Sprich, man schaltet zwischen verschiedenen Konfiguration der Docks hin und her. So kann man schnell von einer Präsentationsansicht für Freunde und Mitspieler auf eine Ansicht zum Bearbeiten der Befehle einer bestimmten Region wechseln.
Für eine genauere Betrachtung dessen, schaut in das Desktop-Menü.